Jakýmsi předchůdcem zdravotnických zařízení v Děčíně byl městský špitál "U dvanácti apoštolů" (dnešní Školský úřad v Křížové ul. čp. 1267), písemně poprvé doložený k roku 1527. Nejednalo se však o nemocnici v dnešním slova smyslu, ale o starobinec pro 12 chudých a nemocných osob (6 mužů a 6 žen) z děčínského panství.
První skutečný špitál pro nemocné vznikl až na základě testamentu děčínského měšťana Maximiliana Dittricha. Ten ve své poslední vůli r. 1834 ustanovil legát ve výši 600 zl. ke zřízení léčebny o osmi lůžkách pro nemocné obyvatele města a panství Děčín. Po Dittrichově smrti v březnu 1840 byla z jeho pozůstalosti zřízena nemocenská nadace, na jejímž základě vznikl roku 1852 ve třech místnostech špitálu "U dvanácti apoštolů" první ústav pro stacionární léčení nemocných v Děčíně. Správcem nadace a tedy i provozovatelem špitálu byla městská obec, která provoz ústavu spolufinancovala. Za léčbu se platilo, pouze osoby chudé a nemajetné byly dle ustanovení Dittrichovy závěti léčeny zdarma. To však v konečném důsledku znamenalo, že většinu pacientů tvořili nemocní obecní poslíčci a přestárlí lidé, o které se starala jediná téměř osmdesátiletá ošetřovatelka, zatímco lékař sem pouze docházel na kontroly. Ordinujícím lékařem (Ordinarius) zde byl od počátku MUDr. Josef Steinhauser (1819 - 1897), velkostatkář a pozdější starosta města Děčína. Poté, co se přestěhoval roku 1881 do Vídně, převzal místo lékaře špitálu a městského lékaře MUDr. Friedrich Philipp (1848 - 1913). Také v Podmoklech pracoval v té době na podobných principech komunální špitál, v němž jako lékař působil MUDr. Carl Balzer.
V roce 1883 se počet obyvatel města Děčína blížil šesti tisícům a v městské radě se začínaly ozývat hlasy požadující vybudování nové městské nemocnice. Objevilo se však několik radních, kteří tvrdili, že nemocnice bude zbytečnou zátěží pro městský rozpočet a že není potřebná. Někteří měli navíc obavy z šíření nakažlivých chorob z nemocnice do města. Přesto byl zřízen výbor, který vytipoval pro stavbu nemocnice několik lokalit a městská spořitelna věnovala ze svého výtěžku pro účely zřízení nemocnice 10 000 zl. Další peníze plynuly z nadace Maximiliana Dittricha a od dalších dárců, takže během jednoho roku byl pohromadě celý kapitál potřebný ke stavbě nemocnice, aniž by město muselo přidávat prostředky z vlastního rozpočtu. Za těchto okolností městská rada výstavbu nemocnice schválila, rozpoutala se však bouřlivá debata ohledně jejího umístění. Nakonec městská rada 11. 10. 1884 rozhodla zakoupit pro výstavbu nemocnice pozemek na okraji města - v prostoru mezi dnešní ulicí E. Krásnohorské, Riegerovou, Horskou a Kamenickou. Ten byl skutečně zakoupen, ale k výstavbě nakonec nedošlo a celý projekt zůstal nerealizován. Důvodem byl patrně opětovný spor mezi radními o umístění nemocnice, protože někteří z nich považovali zakoupený pozemek za nevhodný. Teprve 29. 4. 1890 přednesl starosta Carl John (1839 - 1910) městské radě zprávu stavebního výboru, která doporučovala postavit "Nemocnici císaře Františka Josefa" (Kaiser Franz Josef Krankenhaus - císař povolil 30. 11. 1889 užití svého jména v názvu) poblíž bývalé městské cihelny (t.j. v místech dnešního domova důchodců na Kamenické ulici). V záměru bylo počítáno se čtyřiceti lůžky (na 10 000 obyvatel města), přičemž osm lůžek mělo být hrazeno z Dittrichovy a osm ze Stadlerovy nadace (tato nadace vznikla r. 1886 z pozůstalosti vinárníka Franze Stadlera), zbytek provozu mělo financovat město. Již v této fázi stavební výbor navrhoval získat pro nemocnici tzv. právo veřejnosti, čímž by se sice navýšil počet lůžek, ale zároveň by stát hradil náklady na ošetření nemajetných pacientů.
Stavba byla zahájena na jaře 1896 výkopem kanalizace a koncem léta 1898 byla nemocnice včetně hospodářské budovy kompletně hotova. Skutečné náklady se nakonec vyšplhaly téměř na dvojnásobek - 404 203 K (1 zl. = 2 K). Více než rok pak trvalo, než bylo pořízeno všechno potřebné vybavení. Zvláštní důraz byl při tom kladen na zařízení operačního sálu. Děčínský chirurg MUDr. Anton Greussing, který byl pověřen nákupem vybavení, podnikl dokonce řadu studijních cest do nejmodernějších nemocnic v Čechách a v Německu a pro Děčín objednal jen to nejlepší, co na svých cestách viděl.
Novostavba byla slavnostně otevřena v den císařových 70. narozenin 18. srpna 1900 za účasti městského zastupitelstva v čele se starostou města C. Johnem, zástupců vlády, zemského výboru, mnoha korporací a hostí. Starý špitál v Křížové ulici sloužil od té doby opět jen jako chudobinec.
Nová nemocnice byla městským zařízením a podléhala vrchní správě městské rady v čele se starostou. Městská rada také jmenovala primáře, rozhodovala o personálních otázkách a schvalovala rozpočet. Pro dohled nad nemocnicí byl zřízen šestičlenný správní výbor v čele se starostou, kterého po půl roce vystřídal městský architekt Wendelin Harich. Prvním primářem s ročním platem 1 200 zl. byl jmenován MUDr. Anton Greussing, sekundářem MUDr. Anton Pohl a správcem (účetním) se stal Wilhelm Blumentritt. O pacienty pečovalo zpočátku 6 sester z Řádu sv. Kříze z Chebu. Do poloviny 20. let se jejich počet zvýšil na 13.
Ošetření v nemocnici bylo zpoplatněno podle sazebníku, který městská rada schválila 8. 10. 1900. Pouze ošetření na 16 lůžkách Dittrichovy a Stadlerovy nadace se řídilo ustanoveními příslušných nadačních listin a bylo financováno odděleně od nemocničního rozpočtu. Ostatní pacienti byli podle výše zaplacené denní taxy rozděleni do tří kategorií s odstupňovanou péčí. Vybrané poplatky plně hradily provoz ústavu, v případě momentální platební neschopnosti bylo město povinno poskytnout ústavu bezúročnou půjčku. Také nákup nového zařízení a přístrojů byl plně hrazen z městského rozpočtu, příp. z darů. Např. roku 1909 věnovala děčínská spořitelna nemocnici první rentgenový přístroj a roku 1916 křemíkovou výbojku, která byla používána jako horské slunce.
4. 11. 1901 udělil zemský sněm nemocnici již dříve zmiňované právo veřejnosti a od tohoto dne ústav pracoval pod názvem "Allgemeines öffentliches Kaiser Franz Josef I. Krankenhaus" (Všeobecná veřejná nemocnice císaře Františka Josefa I.). S názvem se změnil také způsob financování. Počínaje 4. 11. 1901 převzal stát prostřednictvím zemského fondu náklady na ošetření pacientů III. kategorie, pokud nebyli sami (nebo prostřednictvím pojištění) schopni částku uhradit. Denní ošetřovací taxa se nadále neřídila městskou vyhláškou, ale byla nemocnicím určována jednou ročně formou zákona. Každá nemocnice přitom měla určenou individuální taxu zohledňující její vybavení a úroveň péče o pacienty.
Nová nemocnice (čp. 604) plně odpovídala nárokům na moderní zdravotnické zařízení své doby. Hlavní budova nemocnice byla dvoupatrová, ve střední části ozdobená novobarokní věží s hodinami. V objektu bylo zpočátku 72 lůžek rozdělených podle kategorií pacientů do čtyř sálů, tří větších a čtyř menších pokojů. Přízemí bylo vyhrazeno mužům, ženské oddělení bylo v patře. Mimoto se v přízemí nacházela ordinace s čekárnou, v prvním patře operační sál, kanceláře šéflékaře a vrchní sestry a ve druhém patře biochemická laboratoř a nezbytná ústavní kaple. V suterénu byl vedle kotelny byt domovníka a m.j. také dvě cely pro nebezpečné pacienty a jedna cela pro vězně. Objekt byl napojen na městský vodovod a vybaven plynovým (od r. 1905 elektrickým) osvětlením a telefonem.
Zároveň s nemocnicí byla postavena patrová hospodářská budova (čp. 605), která se stala zázemím celého zařízení. Byla zde kuchyně, prádelna, žehlírna, ledárna, uhelna a v patře byty sester. Roku 1908 byla kuchyně v prvním patře propojena s hlavní budovou nemocnice krytou chodbou.
Dalším objektem nemocničního areálu byl infekční (izolační) pavilon (čp. 606), dokončený až roku 1902. Je to obdélná stavba s vnějším schodištěm a malou věžičkou orientovaná kolmo na hlavní budovu. V roce postavení zde bylo 26 lůžek. Objekt dnes slouží patologickému tologickému oddělení a kardiologické poradně. Celý areál nemocnice (tehdy asi 3,5 ha) byl pojat jako velký park. Prostor severně od hospodářské budovy (v místech pozdější kotelny) byl oplocen a sloužil jako okrasná zahrada. V jejím středu se nacházela bronzová busta císaře Františka Josefa I., jehož jméno nemocnice nesla. Ostatní plocha byla pěšinami rozdělena na záhony různých geometrických tvarů, do nichž byly vysázeny okrasné dřeviny. Celý areál byl určen k procházkám pacientů. Pro pacienty I. kategorie byla rezervována zvláštní část parku na jih od hlavní budovy (cca v místech dnešní prodejny potravin).
Při východní hranici pozemku stála márnice s pitevnou (čp. 607), vybavená mramorovým pitevním stolem a desinfekčním přístrojem, postavená podle plánů z roku 1895 v podobě novobarokní kapličky. Nedaleko odtud, v jihovýchodním rohu areálu, stála skutečná barokní kaple, zřízená kolem roku 1750 Tobiasem Fockem na poli Ignaze Fockeho při staré ludvíkovické cestě, která tudy kdysi vedla. Tato tzv. Fockeho kaple (odtud i původní název ulice U nemocnice - Fockestrasse) byla zbořena někdy po roce 1970.
K nemocnici tehdy patřil ještě jednoduchý dřevěný objekt severně od hlavní budovy (v místech dnešní chirurgie), tzv. nouzový špitál, využívaný v krajních případech i k hospitalizaci pacientů (např. při epidemiích). Na louce za ním se pro nemocnici bělilo prádlo.
Provoz ústavu byl hned od počátku značný. Od otevření do konce roku 1900 se v nemocnici léčilo 121 pacientů s 3199 dny pobytu, následujícího roku již 394 s 10 337 dny a roku 1902 celkem 693 pacientů s 19 349 dny pobytu. V roce 1909 přesáhl počet ošetřených poprvé 1 000 (celkem 1 085). V roce 1913 se v nemocnici léčilo 1 242 pacientů, přičemž více než polovina připadala na chirurgické zákroky (úrazy, zlomeniny, odstraňování nádorů, rizikové porody) a zbytek tvořila zejména interní a nakažlivá onemocnění. Nemocnice léčila také nervové a duševní choroby (včetně alkoholismu) a ojediněle i nemoci očí. Z uvedených 1 242 pacientů v r. 1913 bylo 946 zcela vyléčeno, u 158 se stav zlepšil, u 40 se nezměnil a 98 svým nemocem podlehlo. Ve stejném roce bylo v nemocnici provedeno celkem 534 operací, přičemž 492 z nich vedlo k vyléčení, ve 30 případech pacient zemřel a u zbývajících pacientů se stav nezměnil. Rostoucí provoz vyžadoval průběžné zvyšování kapacity nemocnice, které bylo při neexistenci nových budov prováděno zvyšováním počtu lůžek v jednotlivých pokojích. Městský úřad za finanční pomoci děčínské spořitelny navýšil do roku 1913 počet lůžek na 110.
Od roku 1919 byla nemocnice, která tehdy disponovala jen 110 lůžky, permanentně přeplněna. Do roku 1921 se z darů podařilo vytvořit dalších deset lůžkových míst a z nemocničního fondu byla zřízena další čtyři lůžka - celkem tedy 124. Po zlepšení finanční situace v první polovině 20. let bylo postupně obnovováno zařízení (byl dokonce zakoupen nový rentgenový přístroj za téměř 100 000 Kč), budova ale dosáhla hranice svých kapacitních možností a pro další lůžka a ordinace již nebylo místo. Roku 1923 byly proto vypracovány plány na rozšíření infekčního pavilonu stavbou dvou postranních křídel, celá akce však skončila výstavbou provizorního dřevěného baráku.
Jaká byla skladba nemocí léčených v děčínské nemocnici na konci 20. let, dokládá zpráva primáře dr. Pilse. Těžiště činnosti ústavu spočívalo tehdy v léčbě interních, chirurgických a gynekologických onemocnění, léčily se zde však i ušní, krční, nosní, kožní a pohlavní nemoci. Ročně zde bylo ošetřeno přes 300 úrazů, zejména zlomenin a zranění vnitřních orgánů. Z těžších onemocnění se nejvíce vyskytovaly choroby štítné žlázy, z nichž bylo ročně na padesát operováno. Vyskytovala se rovněž onemocnění zažívacího ústrojí, ročně bylo provedeno více než sto operací slepého střeva. Vzrůstal počet operací dvanáctníku, které přinášely dobré výsledky i při léčení prasklých vředů. Operace kýly zde probíhaly téměř denně. Onemocnění močových cest mohla být úspěšně léčena díky nejmodernějším cystoskopům a dalším zařízením. Stále častěji se objevovala rakovinná onemocnění, zejména trávícího ústrojí a dělohy. Z vnitřních nemocí byly nejrozšířenější nemoci dýchacích cest a plic, své oběti si vybírala tehdy neléčitelná tuberkulóza. Zvyšoval se počet případů kloubového revmatismu a narůstalo též množství krčních onemocnění (angína). Z infekčních nemocí se sporadicky objevoval břišní tyfus, spála, záškrt, růže a ojediněle též tetanus. V roce 1927 bylo v děčínské nemocnici léčeno 2 698 pacientů, z nichž 1 688 bylo uzdraveno, u 681 se stav zlepšil, 68 se neuzdravilo a 139 zemřelo (rozdíl 122 osob jsou pacienti doléčení v následujícím kalendářním roce). V uvedeném roce strávili pacienti v nemocnici celkem 51 357 dní, t. j. 19,03 dne na 1 pacienta.
V roce 1924 překročil při 124 lůžkách počet přijatých pacientů 2 000 (2 172 pacientů se 43 251 dny pobytu v nemocnici). Tehdejší primář MUDr. Rudolf Pils (1882 - 1947), který od 1. 1. 1924 převzal vedení ústavu po nemocném MUDr. Greussingovi, se rozhodl neudržitelnou prostorovou situaci radikálně řešit a navrhl správnímu výboru stavbu nového objektu. Momentální příznivá finanční situace ústavu (po dvouleté správě okresem vykazovala nemocnice opět zisk) dovolila uvažovat o velkorysé novostavbě pavilonu pro chirurgické a porodní oddělení a o rozšíření infekčního pavilonu, tedy o faktickém zdvojnásobení kapacity nemocnice. Správní výbor nemocnice požádal 22. 2. 1926 vedení města o výstavbu nového pavilonu a na jaře následujícího roku již byly připraveny předběžné plány dvoupatrové budovy, vypracované stavebním radou ing. Schoderböckem. Nový pavilon byl umístěn na sever od stávající budovy tak, že oba objekty tvořily jednu frontu. Tento projekt byl předložen zemskému výboru a ministerstvu zdravotnictví s žádostí o státní subvenci. Zemský výbor rozhodl přistavět ještě třetí patro s byty lékařů a sester a upravit v suterénu prostory pro elektro- a vodoléčbu. Takto pozměněný projekt byl 19. 9. 1927 zemským výborem schválen a město zadalo u podmokelského architekta Josefa Benesche vypracování prováděcího projektu. Rozvody plynu, elektřiny a vody projektoval ing. Leo Ehmann z Vídně.
Ministerstvo zdravotnictví si však při projednávání státní dotace v průběhu roku 1928 začalo klást dodatečné požadavky na změnu projektu. Předně bylo požadováno oddělení obou operačních sálů, které byly z úsporných důvodů situovány vedle sebe, zřízení ústředního topení a chlorovací aparatury pro odpadní vody. Dále ministerstvo nařídilo vystavět v areálu nemocnice dva nové infekční pavilony. Aby město získalo dvoumilionovou státní dotaci, muselo na tyto podmínky přistoupit a městské zastupitelstvo 12. 9. 1928 stavbu schválilo.
Hrubá stavba čtyřpodlažní budovy, kterou realizovala děčínská stavební firma Wilhelm Herbig & Stefan Steczek a částečně též podmokelský stavitel Alois Friedrich, byla hotova již následujícího roku. Stavba se však vzhledem k požadavkům ministerstva oproti původnímu očekávání neúměrně prodražila. Stavba sama (včetně výkupu pozemků pro proponované infekční pavilony) vyšla na 11 520 000 Kč a celkové náklady (včetně zařízení) se vyšplhaly až na 14 mil. Kč, což byla téměř čtvrtina městského rozpočtu. Tak vysokou částku nemohlo města investovat najednou a bylo nuceno vzít si úvěr, který se však v podmínkách hospodářské krize jen těžko splácel. Někteří sociálnědemokratičtí zastupitelé proto navrhli zbavit se zadlužené nemocnice převodem na okresní úřad. Vedení města tedy vypracovalo na jaře 1931 memorandum požadující převod nemocnice. Okresní zastupitelstvo však transakci za daných podmínek neschválilo a nemocnice zůstala nadále v majetku a správě města. Starosta Friedrich Leinweber nakonec dojednal s okresním úřadem alespoň převzetí úroků z úvěrů (asi 350 000 Kč ročně), čímž se splátky staly pro městskou pokladnu snesitelnějšími. Další část chybějících financí pokryly dary děčínských podnikatelů.
Mezitím probíhaly dokončovací práce na novém pavilonu - instalace vodovodu, elektrického vedení, výtahu a nejmodernější zdravotnické techniky (např. nový roentgen, zařízení operačního sálu apod.). Nový pavilon (čp. 1053) byl slavnostně otevřen v neděli 4. října 1931.
Výstavbou nového pavilonu se změnila struktura celé nemocnice. Zatímco dříve byli pacienti se všemi druhy chorob směstnáni ve společných pokojích staré budovy, po dokončení nového pavilonu se nemocnice rozdělila na dvě oddělení. Ve staré budově (čp. 604) bylo umístěno interní oddělení se 70 lůžky, dvě místnosti pro léčení pohlavních chorob s 12 lůžky a ústavní kaple. Chirurgické oddělení v novém pavilonu mělo 108 lůžek a porodnice umístěná v téže budově jich měla 12. Vedle chirurgického primariátu (MUDr. Rudolf Pils, který byl zároveň šéflékařem celého ústavu) vznikl v té době při interním oddělení samostatný primariát, který vedl MUDr. Hans Füllsack (1900 - 1948).
Spolu s vlastní nemocnicí se rozrůstalo rovněž její hospodářské zázemí. Podle projektu z roku 1930 byla ke staré hospodářské budově (dnešní kuchyně a přijímací kancelář) přistavěna kotelna s vysokým komínem, uhelna a další hospodářské místnosti a kanceláře. Součástí hospodářské části nemocnice byl také vepřín, který sloužil ještě v 50. letech. Zároveň s hospodářskou částí byla vyprojektována také záchranná stanice, jejíž provoz spolufinancovalo město, okresní úřad a místní skupina Červeného kříže. V roce 1934 zde byly již dvě sanitky. Před jejím vznikem prováděli převoz nemocných a zraněných do nemocnice dobrovolní hasiči na upraveném koňském potahu, pořízeném roku 1909.
Po postavení chirurgického pavilonu se změnila i tvář nemocničního parku, kam bylo vysazeno mnoho nových dřevin (břízy, jasany, javory, duby, kaštany, konifery, topoly, jedle apod.).
Nemocnice se však stále ještě potýkala se starými finančními problémy a navíc se objevovala potřeba nových investic, jako byla dostavba nového infekčního pavilonu, jehož hrubou stavbu město dokončilo v únoru 1940, zakoupení nového roentgenu náhradou za dosluhující přístroj z r. 1928, atd. Starosta proto usiloval o převod nemocnice do majetku Landratu (nástupce okresního úřadu). Převod se uskutečnil v létě 1940 a nemocnice dále pracovala jako státní instituce pod názvem Kreiskrankenhaus Tetschen (Okresní nemocnice Děčín). Stát zároveň převzal všechny dřívější závazky nemocnice a investoval do dokončení infekčního pavilonu, který byl s ohledem na válečné události otevřen až o 3 roky později. V roce 1939 byl ještě vypracován projekt na přístavbu skladu a garáží pro čtyři vozy záchranné služby vedle uhelny, který však nikdy nebyl uskutečněn.
Válečná situace si však vyžádala zřizování staveb zcela jiného druhu. V průběhu války na Děčínsku stále vzrůstal počet totálně nasazených dělníků, válečných zajatců a od r. 1944 také německých uprchlíků z Pruska a Slezska, které z jejich domovů vyháněla postupující fronta. Na počátku února 1944 dosahoval počet cizinců v tehdejším okrese Děčín (tehdy ještě bez šluknovského výběžku) asi 20 000, což při 118 000 stálých obyvatel znamenalo nárůst o necelých 15%. Již někdy počátkem války byla proto nemocnice rozšířena výstavbou dvou provizorních dřevěných baráků dodaných srbskokamenickou pilou. Tyto objekty, které sloužily k léčení zahraničních dělníků a zajatců, přestaly brzy vyhovovat a počátkem roku 1943 byly nahrazeny jedním montovaným objektem s kapacitou 56 lůžek dodaným firmou Höntsch ze Starého Města. Výstavbu zajišťoval říšský stavební úřad v Ústí n. L. Objekt byl zprovozněn 8. 3. 1943 a bylo do něj přesunuto 20 cizinců momentálně léčených v nemocnici. Péči zde zajišťovaly 3 sestry Červeného kříže. V souvislosti s navýšením počtu lůžek byla provizorně rozšířena i ústavní kuchyně.
K prostorovým a hygienickým problémům se v důsledku válečného vývoje přidružily ještě problémy finanční a personální. K 1. 6. 1943 pracovalo v nemocnici jen 5 lékařů (z toho 1 cizinec), 1 masér, 1 desinfektor, 78 ošetřovatelek a pomocnic, 6 pomocníků a 15 úředníků správy ústavu. Ke stejnému datu bylo již 21 zaměstnanců nemocnice odvedeno na frontu. V roce 1942 padl první syn primaře Pilse, JUDr. Hans Pils, a o rok později druhý ze tří synů, ing. Rolf Pils. Krátce poté byl MUDr. Pils obviněn z odmítání hitlerovského pozdravu, hanění strany, sabotování opatření protiletecké ochrany a ze zacházení s nemocnými válečnými zajatci a nasazenými dělníky jako s Němci. Byl zatčen gestapem a měsíc vězněn v Drážďanech a v Liberci. Celá věc byla nakonec uzavřena pokutou 50 000 RM. Také řádové sestry se dostaly do konfliktu s nacistickou státní mocí. Po incidentech v jiných nemocnicích musely v listopadu 1943 všechny řádové sestry podepsat prohlášení, které jim zakazovalo nabádat pacienty ke konání náboženských úkonů, rodičky ke křtění dětí atd. Jakékoliv rozlišování pacientů podle víry bylo nadále pod pohrůžkou trestu zakázáno.
Provoz nemocnice se po celou dobu války neustále zvyšoval a kulminoval v květnu 1945, kdy bylo do nemocnice dodáno množství zraněných po sovětském náletu na Děčín. Vzhledem k velkému počtu mrtvých musel být tehdy na folknářském hřbitově zřízen hromadný hrob.
30. 5. 1945 byli do nemocnice dosazeni dva komisařští správci, do té doby zaměstnanci nemocnice v Českých Budějovicích: Václav Kadlec, který vedl ústav po stránce administrativně hospodářské, a MUDr. Jan Kubiš, který měl zajišťovat vedení po stránce lékařské a zároveň převzít primariát interního oddělení. Od počátku června byli přijímáni první čeští zaměstnanci. 14. 6. 1945 nastoupil MUDr. Jiří Rousek, dosavadní docent na českobudějovické nemocnici, který byl nejprve pověřen komisařským vedením chirurgického oddělení a o dva dny později se stal komisařským šéflékařem. Ještě v průběhu června byli propuštěni němečtí lékaři a zůstal zde pouze jeden slovenský internista a pět nezkušených německých sekundářů a pomocných lékařů, přijatých zpravidla až v průběhu roku 1945. Také ošetřující personál byl zčásti propuštěn a všichni byli pro svou německou národnost postupně vysídleni do Německa. To vedlo v děčínském zdravotnictví ke katastrofální situaci, protože za tyto německé odborníky chyběla kvalifikovaná náhrada. Ještě v roce 1946 bylo na okrese jen 56 lékařů, kteří zajišťovali jak ambulantní, tak i nemocenskou péči. Děčínská nemocnice (od léta 1945 všeobecná veřejná Masarykova okresní nemocnice) měla tehdy jen 15 lékařů, 60 ošetřovatelek (z velké části ještě německých řádových sester) a 22 pomocnic. Dalších 60 zaměstnanců pracovalo ve správě a technickém zabezpečení budov: ve správních kancelářích (12), kuchyni (10), prádelně (10), kotelně, zahradnictví a záchranné stanici. V provozu bylo tehdy 370 lůžek a 3 primariáty: chirurgický (MUDr. Jiří Rousek), interní (MUDr. Přemysl Pech) a nově vytvořený porodnicko-gynekologický (MUDr. Jiří Pejšek).
Dekretem presidenta republiky č. 5 z 19. 5. 1945 byla zrušena platnost všech majetkových převodů uskutečněných v průběhu války a také převod nemocnice z majetku města na Landrat (okres) provedený roku 1940 byl neplatný. MNV v Děčíně však nebyl schopen nemocnici z finančních důvodů převzít a ONV proto nemocnici spravoval a financoval dál. Právní postavení ústavu bylo nakonec vyřešeno rozhodnutím rady ONV z 3. 7. 1946, podle kterého přešel ústav jako okresní zařízení pod správu ONV a podléhal nadále čtyřicetičlennému správnímu výboru složenému z 36 členů pléna ONV, okresního lékaře a vedení nemocnice.
Přes trvalý nedostatek lékařů i ostatního personálu se provoz nemocnice neustále zvyšoval. V roce 1946 bylo přijato 7 361 pacientů, průměrný denní stav byl 326 pacientů a průměrná ošetřovací doba 15,47 dne. Na 110 chirurgických lůžek bylo v uvedeném roce přijato 2 500 pacientů a porodní oddělení o 40 lůžkách vykazovalo 1 200 porodů za rok.
Rozhodnutím ministerstva zdravotnictví byl roku 1947 k nemocnici přičleněn objekt bývalého okresního starobince v Křešicích, postavený roku 1903, který byl upraven na léčebnu plicní tuberkulózy. Adaptace objektu proběhla v zimě 1947 a na jaře následujícího roku bylo otevřeno oddělení o 120 lůžkách, sloužící i nemocným z přilehlých okresů. Poté, co se i u nás rozšířila aplikace antibiotik, bylo samostatné oddělení TBC zrušeno a objekt přešel do užívání ČSPLO jako odborné učiliště.
Změny proběhly i v samotném areálu nemocnice. V novém infekčním pavilonu bylo r. 1947 zřízeno dětské a kojenecké oddělení se samostatným primariátem. Krční oddělení, do té doby umístěné v pavilonu chirurgie, se přesunulo do jedné z původně soukromých vil v ulici U nemocnice (čp. 1186), která byla k uvedenému účelu adaptována. Tím se celkový počet lůžek nemocnice zvýšil na 440, nepočítaje v to 120 lůžek křešického pavilonu TBC.
Zákonem č. 185 z 19. 7. 1948 bylo rozhodnuto o plošném zestátnění všech nemocnic a léčeben v Československu. Děčínská nemocnice se po zestátnění stala roku 1949 součástí nově vytvořeného Okresního ústavu národního zdraví, pod jehož správou setrvala až do roku 1992. Prvním ředitelem OÚNZ se stal dosavadní ředitel nemocnice MUDr. J. Rousek. Vzhledem k neexistenci archivního materiálu se bohužel vývoj nemocnice v rámci OÚNZ nedá dostatečně zdokumentovat.
I po začlenění do OÚNZ se nemocnice potýkala s personálními těžkostmi. V celém okrese Děčín (tehdy bez šluknovského výběžku) působilo roku 1948 jen asi 60 lékařů. V roce 1950 chybělo v nemocnici 5 lékařů a větší počet ošetřovatelek. Také zpráva o stavu zdravotnictví předložená radě ONV v květnu 1953 konstatuje na všech odděleních nenaplněné stavy lékařského i ošetřujícího personálu. Nemocnice byla tehdy rozdělena do sedmi oddělení:
Neustále rostoucí počet pacientů si vyžadoval průběžné zvyšování počtu lůžek. Neprobíhaly však žádné investiční akce, které by zvýšily kapacitu nemocnice. V první polovině 50. let bylo navíc několik velkých sálů postupně rozděleno příčkami na menší pokoje, čímž se ale částečně snížila jejich kapacita. Některá oddělení proto řešila své prostorové problémy přechodným umisťováním lůžek do chodeb. Na konci roku 1956 měla nemocnice 650 lůžek rozdělených do devíti odborných oddělení.
Úměrně se zvyšujícím se počtem lůžek však nerostly pomocné provozy, které brzy nebyly schopny zajišťovat chod tak velkého ústavu. Kapacitní problémy se nejmarkantněji projevily v prádelně, která zpožděnými dodávkami ochromovala provoz některých oddělení i operačních sálů. Na hranici svých možností stála také kotelna a kuchyně. Při neustále rostoucím počtu operací (v roce 1954 bylo provedeno 920 velkých operací, následujícího roku již 1086) bylo třeba zřídit další operační sál. Stavba nové budovy z finančních důvodů nepřipadala v úvahu a bezvýchodná prostorová situace interního a kožního oddělení byla proto dočasně řešena využitím nouzových dřevěných baráků z války. OÚNZ nakonec v průběhu následujících let vlekoucí se problémy řešil výstavbou nové kuchyně, kotelny a prosektury a také zabráním několika původně soukromých vil v ulici U nemocnice (čp. 1039) a Lužické ul. (čp. 1003 a 982), do nichž se nastěhovala některá oddělení a kanceláře a zčásti též ubytovny lékařů. V letech 1966 - 68 byla osekána novobarokní fasáda interního oddělení a budova omítnuta dvoubarevným břízolitem. Zároveň byla stržena krytá lávka spojující interní oddělení a kuchyni.
V druhé polovině 70. let již nemocnice stála na hranici svých kapacitních možností. Jen za rok 1977 bylo přijato celkem 11 393 pacientů s celkovým počtem 177 677 ošetřovacích dnů a některá oddělení jen s velkými obtížemi uvolňovala lůžka pro nové pacienty. Ve stejném roce vykazovala nemocnice celkem 674 zaměstnanců.
V roce 1978 se proto začalo s výstavbou nového objektu v prostoru mezi nejstarší budovou (interní odd.) a chirurgickým pavilonem z roku 1931 (tzv. proluka). Novostavba byla určena pro oddělení ARO a pro rozšíření porodního a interního oddělení. Stavbu zajišťovalo OSP Děčín spolu se Zdravoprojektem Praha. Objekt je v provozu od 22. 12. 1982 a první pacient na ARO byl přijat 7. 2. 1983. Do období 70. let spadá také výstavba přízemních montovaných objektů pro oddělení neurologické a oční (1978), kožní (1973 - 75), ORL (1983) a transfúzní (1972) při východní hranici areálu, které byly původně zbudovány jako provizorium na tři roky. Po úpravách slouží nejstarší z nich již čtvrt století. Také dřevěný barák postavený za války pro zahraniční dělníky zůstal v provozu a po mnoha rekonstrukcích a přestavbách dnes slouží jako údržbářská dílna.
Určité modernizace doznaly i hospodářské budovy. Stará ruční kotelna, která v zimě spotřebovala až 100 q uhlí denně, byla nahrazena modernější na lehký topný olej. V Ietech 1985 - 1989 proběhla generální oprava celého zařízení.
V roce 1990 měla nemocnice v Děčíně 8 primariátů s lůžkovou složkou: interní, chirurgický, dětský, gynekologický, ARO, kožní, oční a ORL. Dalších pět primariátů pracovalo při odděleních společné léčebné a vyšetřovací složky: oddělení klinické biochemie, transfúzní, radiodiagnostické, rehabilitační a patologicko-anatomické oddělení. Pod ředitelství děčínské nemocnice spadala též nemocnice v České Kamenici se dvěma primariáty: chirurgickým a interním a děčínská poliklinika (zřízena k 1. 1. 1956, zpočátku jako samostatné zařízení s 10 odděleními) s devíti odděleními: všeobecné lékařství, stomatologie, TRN, posudkové, psychiatrické, dorostové, tělovýchovné, neurologické a poliklinické oddělení klinické onkologie.
V čele Nemocnice s poliklinikou v Děčíně stál ředitel, jehož přímými podřízenými byli vedle primářů také správce nemocnice a hlavní sestra. V roce 1989 bylo přijato 10 615 pacientů, kteří zde strávili celkem 126 681 dnů. O jejich zdraví se staralo 170 lékařů.